O convento de Nossa Senhora da Consolação de Serpa, da Ordem de São Paulo Primeiro Eremita, foi refundado em 1617 e a sua construção, no interior do espaço amuralhado de Serpa, junto às portas de Moura, decorreu ao longo dos séculos XVII e XVIII. A edificação da igreja actual, que teve lugar entre 1692/3 e 1702 seguindo de perto o modelo arquitectónico da sumptuosa Igreja de Nossa Senhora do Sacramento do convento paulista de Lisboa, sede da Ordem ao tempo, deveu-se a um avultado donativo enviado da cidade de Oaxaca (México) pelo serpense Capitão Manuel Fernandes Fialho (Serpa, 1631 – Oaxaca, 1708/9), a pedido da comunidade paulista de Serpa. Figura histórica de grande relevo na história de Oaxaca, onde viveu cerca de 40 anos (até à sua morte) enriquecendo com o negócio da grana-cochinilha, Manuel Fialho foi um dos seus maiores beneméritos, patrono de inúmeras obras sociais e mecenas de várias construções de carácter religioso e civil, monumentos cuja existência contribuiu para a classificação desta cidade pela UNESCO como Património Mundial da Humanidade em 1987.
Na sequência da extinção das Ordens religiosas em Portugal, em 1834, os bens imóveis e móveis que pertenciam à comunidade paulista de Serpa, incluindo a igreja e os lugares regulares do convento, são arrolados e entram na posse do Estado. Ainda no século XIX, em 1840, o edifício do antigo convento, com a sua igreja, passa a ser propriedade da Santa Casa da Misericórdia de Serpa, que o recebe em troca dos edifícios nos quais se encontrava sedeada desde a sua fundação, nomeadamente a igreja e o hospital situados na Rua de Nossa Senhora. Os antigos lugares regulares sofrem obras de adaptação a Hospital, função que ainda hoje têm; a igreja, que entretanto voltou a estar ao serviço da Paróquia de Serpa, acabou por fechar as portas ao culto religioso há cerca de 40 anos, encontrando-se desde então devoluta.
Apesar da perda de função, a Igreja de Nossa Senhora da Consolação de Serpa encontra-se em razoável estado de conservação. À indiscutível qualidade do facto arquitectónico, que mantém a sua fidelidade ao projecto inicial, junta-se um equipamento artístico de grande valor, subsistindo praticamente intacto, evidenciado nos retábulos - sendo de assinalar o facto de se encontrarem completos, com a pintura e imagens escultóricas de vulto -, no revestimento azulejar e na pintura mural. A conjugação de todos estes elementos traduz bem o conceito de “arte total”, tão ao gosto do barroco português, de que a Igreja paulista de Serpa constitui magnífico exemplo, não só pela qualidade já mencionada, mas sobretudo pelo facto de a sua concepção espacial e o sentimento estético permanecem no seu estado original. De referir também o cadeiral e a cortina que se encontram no coroalto da igreja, atestando a presença da Misericórdia na sua história.
É incontestável o valor patrimonial da Igreja paulista de Nossa Senhora da Consolação, relevante não só ao nível local, no contexto da arquitectura religiosa subsistente na área do município de Serpa, mas também ao nível nacional, em particular no panorama da arquitectura da Ordem de São Paulo. A investigação recentemente iniciada sobre o Convento de São Paulo de Serpa ao nível da história e da arquitectura, para além de mostrar a importância maior deste monumento, tem também permitido a abertura de novas perspectivas sobre a história local. Por outro lado, segundo a tradição, o cante alentejano terá nascido no Convento paulista de Serpa, o que lhe confere uma dimensão especial no domínio do património cultural imaterial.